L’histoire raconte les aventures de Naruto, un jeune Ninja. Il y a de cela 12 ans, le démon renard aux neufs queues, un monstre aux pouvoirs immensens attaqua le village de Konoha. Afin de sauver le village, celui-ci fut scélé en Naruto. Au début de la série, nous voyons Naruto comme étant un garçon aimant faire des blagues et aimant s’amuser. Mais il a des problèmes. Naruto est un Ninja en entrainement et est orphelin. Il veut avoir du respect de la part des habitants de son village car il est considéré comme étant quelqu’un qui cause souvent des problèmes, alors qu’il fait cela pour se remarquer. Un jour, il vole un rouleau contenant des techniques Ninja secrètes et interdites pour un professeur du nom de Mizuki. Evidement, Naruto avait été piégé par lui et se rendit compte de ce que contenait ce rouleau. Il apprit alors ces techniques et vaincut Mizuki avec ses nouvelles techniques.

Naruto a pour but de devenir le Ninja le plus fort de son village, il rencontrera alors de nouveaux amis et ennemis ainsi que deux personnages très importants durant son aventure. Ces deux personnages sont Sakura, un fille que Naruto a en vue et Sasuke, le rival de Naruto. Ces deux personnages deviennent alors les compagnons de Naruto et ils en apprennent de plus en plus à se connaitre au fur et à mesure qu’ils combattent les grands Ninjas.