Gunnm se situe dans un univers cyber-punk, un monde dominé par les combats et la mort. Remplit de violence, ce manga anime ne se contente pourtant pas de cela.

Le manga anime nous présente la vie de l’héroine, Gally dont le rêve est que "tout le monde puisse voler de ses propres ailes". Elle est une femme cyborg qui a été découverté et nommée ainsi par Ido, un ingénieur de cyborg, qui a trouvé son coeur ainsi qu’une partie de son torse dans une décharge de déchets.

Ils vivent dans la ville de Scrap-Metal, remplie de crime, de quartiers chauds et plus encore, connectée à une construction massive se trouvant juste au-dessus de la ville. Cette construction est en fait une plaque géante sur laquelle se trouve la mystérieuse ville de Zalem. La rumeur dit que Zalem est le paradis de la haute technologie. Par période, Zalem jette ses déchets dans des décharges de la ville du dessous. C’est donc ainsi que Gally a été retrouvée par Ido. Ido est en fait lui-même un ex-citoyen de la ville de Zalem mais il n’en parle pas.

Gally, qui est amnésique, n’arrive pas à se rappeler de ce qu’elle faisait durant son passé, elle vit donc joyeusement avec Ido. Mais petit à petit, elle devient impliquée dans desaffaires dangereuses et devient une mercernaire, elle découvre alors qu’elle a de grandes capacités pour les combats.

Elle tombe finalement d’amour pour Yugo, un cyborg ; mais par malheur, celui-ci se trouve dans sa liste de cibles. Elle finit par le sauver, mais il a pour rêve de grimper sur Zalem et meurt en essayant.

Plus tard, Gally entre dans un tournoi et devient une combattante populaire. Mais elle semble semer autour d’elle le désastre et le malheur, et donc même ses amis se détournent d’elle car ses ennemis la chasse. A cause de cela, elle meurt presque mais est sauvée par des agents de Zalem. Elle se met alors au service des techniciens de Zalem afin d’être une agente et se lie à leurs ordinateurs ce qui permet aux techniciens de voir ses moindres faits et gestes. Peu à peu, combats après combats, elle commence à perdre le sens de la vie. Jusqu’au moment où elle rencontre Fogia dont elle tombe amoureuse et qui lui redonne un sens à la vie. Elle commence alors à chercher la raison d’une telle différence entre le paradise de Zalem et la vie mauvaise et violente de la Terre. Son pseudo est "L’ange de la mort", mais elle ne perd jamais son humanité et sa compassion pour les personnes innocentes.

Bientôt, Ido doit la quitter à jamais et elle devient très triste. Elle se rend compte plus tard que Zalem l’a trompée, les techniciens ont créé des repliques d’elle-même et essayent de la tuer. Elle hésite toujours entre Zalem et Scrap-Metal ; d’un côté elle voit la froideur et de l’autre, une énorme colère.

Elle finit par se souvenir de sa vie précédante, elle était une terroriste nommée Yoko mais elle rejete cela. Elle se rend peu à peu compte que le paradis de Zalem n’est qu’un mensonge ; les gens ne sont pas vraiment heureux, ils sont passifs et froids. Gally finit par trouver une partie des secrets de Zalem, elle découvre qu’elle a été créée par le scientifique Nova et qu’elle a reçu la capacité de détruire Zalem entièrement. L’ordinateur principal de Zalem s’en rend alors compte et préfère se suicider plutôt que de se faire détruire par elle.

Gally, à l’aide de Nova, décide de sauver les deux villes. Elle détruira alors la ville de Zalem et ainsi, les personnes qui vivaient auparavant sur Zalem, reviennent vivrent à Scrap-Metal.